Продолжение одноимённой игры про Кеничи, который собрал прибор способный гипнотизировать людей. В предыдущей части он испытывал прибор на своём боссе, девушке Юкки, но теперь к ним ещё добавилась уальная Мики...

Широ, стал невольно участвовать в битве магов под именем Святого Грааля, которая время от времени проходит в Японии. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и, таким образом, изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу — одну из великих героических душ прошлого или будущего — сражающегося на стороне своего хозяина. Есть семь слуг, все они принадлежат к разным боевым классам: мечник (Сэйбер), лучник (Арчер), копейщик (Лансер), всадник (Райдер), берсеркер, убийца (Ассасин) и маг (Кастер). Битва ведется до тех пор, пока не останется одна пара мастера и слуги. Широ против собственной воли призывает мечницу — слугу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако, он не желает участвовать в битве, так как в прошлой войне потерял всех своих родных. Эмии начинает помогать Тосака Рин — сильный маг, которая учится в той же школе, что и Широ. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой, а наиболее возможный исход для проигравшего — смерть.